將污染的組織培養物放在41℃培養18小時，可殺死支原體，但對細胞有不良影響。所以在處理前要進行預試驗，摸索能大限度殺死支原體又對細胞影響小的加熱時間。此法有時不可靠。若先用藥物處理后，再以41℃加溫處理效果更佳。
用5%的兔支原體免疫血清(血凝效價1:320以上)可去除支原體污染，因特異抗體可抑制支原體生長，故經抗血清處理后11天即轉為陰性，并且5個月后仍為陰性。但此法比較麻煩，不如用抗生素方便、經濟。
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除了上述去除污染的方法外，還有動物體內接種除菌法、巨噬細胞吞噬法、污染培養瓶中加溴尿嘧啶再用光照射的方法及過濾法等，但均較麻煩，且效果不確定。所以一旦支原體污染，除非有特別重要價值，一般均棄之重新培養。
二、污染的預防
預防是防止細胞培養過程中發生污染的辦法。只有預防工作做在前，才能將發生污染的可能性降到小程度。一般預防可從以下幾方面著手：
（一）從物品、用品消毒滅菌著手
細胞培養所用物品清洗、消毒要*，各種溶液滅菌除菌要仔細，并在無菌試驗陰性后才能使用。操作室及剩余的無菌器材要定期清潔消毒滅菌。
（二）從操作者做起
1、細胞培養操作者責任心要強，要細心穩重，操作技術要熟練。進無菌室前要用肥皂洗手或用5%新潔爾滅浸泡5分鐘，按規定穿隔離衣。進入后關好門，坐下來盡量少走動。工作開始要先用75%酒精棉球擦手、擦瓶口和燒灼瓶口。事先要嚴格檢查器材、溶液和培養物，不要把污染品或未經消毒的物品帶入無菌室內，更不能隨便使用，以免造成大批污染。
2、操作者動作要輕，必須在火焰周圍無菌區內打開瓶口，并將瓶口轉動燒灼。操作時盡量不要談話，若打噴嚏或咳嗽應轉向背面。
3、操作時要常更換吸管，切勿一根吸管做到底。一旦發現吸管口接觸了手和其他污染物品應棄去。實驗完畢及時收拾，保持實驗室清潔整齊，后用消毒水浸泡的紗布擦臺面。
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在進行多種細胞培養操作時，所用器具要嚴格區分，做上標記便于辨別。并按順序進行操作，避免一起進行時易發生混亂。
在進行換液或傳代操作時，注射器和滴管不要觸及細胞培養瓶瓶口，以免把細胞帶到培養液中污染其他細胞。
細胞培養所有細胞一旦購置，或從別處引入，或自己建立，均應及早留種凍存，一旦發生污染可棄之復蘇，重新培養。
